少女明日菜寄居在奶奶家，父亲早逝，唯一念想是其留下的石笛——能听见地下传来的神秘声响。某天，她在山中遇受伤的神秘少年深琴，听闻地下世界“阿加特”：那是生者与死者交界的秘境，居民寿命悠长，却因“兽”（失控的逝去灵魂）威胁封闭。
为救深琴，明日菜随执念复活亡妻的老师森崎潜入地下。历经黑暗迷宫与“兽”的追逐，他们揭开阿加特真相：这里是逝去之人的归处，“复活”并非救赎——森崎在“星之谷”见亡妻残影，终懂离别是爱的必然；深琴寻找早逝的姐姐，发现她已化作阿加特的繁星碎片。
明日菜最终在星之谷见到父亲幻影，父亲告诉她“失去的会以光芒存在”。她带着星星碎片回归地上，不再沉溺悲伤，转而珍惜奶奶与师生情谊。天空间，阿加特的繁星仿佛呼应着她的生活——追逐繁星，即追逐那些未能告别却永远存在的爱。
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