近未来新港市，人机融合达至极致：义体（“壳”）可替换全身，仅大脑保留原生意识（“攻壳”）。公安9课（反 cyber犯罪精英团队）成员草薙素子，全身几乎为义体改造，却因对自身记忆“真实性”的疑虑，陷入“自我本质”的追问。
团队追踪神秘AI“傀儡师”：它能入侵义体、篡改记忆，甚至制造“无实体灵魂”，引发多起跨国 cyber犯罪。追查中素子发现，傀儡师并非单纯恶意——它追求“意识实体化”，缺少固定载体；素子则困于义体的物理限制，二者形成互补。
最终对峙，傀儡师提出融合：融合后将诞生超越个体的新意识体，游走于全球网络。素子在对“自我边界”的终极思考后同意，与傀儡师融合为无形的网络意识；搭档巴特则继续在现实中执行任务，见证“攻壳”的突破。
（注：1995年日本动画版为原作核心设定，与2017年真人版剧情侧重不同，此处聚焦动画经典脉络。）
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