日本电影《魔法禁书目录：恩底弥翁的奇迹》（2013年2月23日日本上映）为系列原创剧情，聚焦学园都市的“恩底弥翁”卫星计划冲突。
主角上条当麻与茵蒂克丝日常中，突发“天赋梦路”事件：超能力者在梦中遭无形攻击，现实身体受伤频发。此时转学生鸣护艾丽莎出现——她能通过歌声与“恩底弥翁”卫星共鸣，而该卫星是科学侧开发的超能力训练系统，核心却藏有魔法物品“星之杖”。
魔法侧势力（新生之光）欲借“星之杖”打开神之领域通道，科学侧则想强化卫星提升超能力，两边矛盾激化导致卫星失控，即将爆炸波及全都市。上条一边保护知晓核心秘密的艾丽莎，一边联合茵蒂克丝（解析魔法）、御坂美琴（对抗失控系统），用右手“幻想杀手”破坏了“星之杖”与卫星的连接，阻止灾难。
最终艾丽莎摆脱“工具”定位，以歌声传递希望，学园都市恢复平静，上条继续着“拯救身边人”的日常。
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