风都接连发生诡异事件：受害者均与假面骑士颅骨（Skull）关联，现场留下绘有Skull轮廓的神秘肖像画，其记忆被“肖像记忆体”抽离殆尽。翔太郎察觉这与师父鸣海庄吉的过去相关，与菲利普展开调查。
幕后黑手是昔日被庄吉挫败的“记忆体艺术家”影山，他妄图融合所有Skull相关记忆，复活被封印的“混沌记忆体”统治风都。影山召唤“假颅骨骑士”重创W（翔太郎&菲利普），更试图利用菲利普的地球图书馆读取关键记忆。
危急时刻，庄吉生前留下的“侦探意志投影”显现，与翔太郎持有的Skull记忆体共鸣——翔太郎暂时变身Skull，与菲利普的W形态联手。师徒（投影）并肩，以“守护风都记忆”的信念破解幻术，彻底击溃影山与混沌记忆体。
事件落幕，翔太郎更懂师父“侦探即记忆守护者”的真谛，风都再次恢复平静，但侦探们的使命仍在继续。
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