《壳中少女：压缩》以未来都市Mardock为舞台，聚焦底层少女露恩·芭洛特的命运转折。露恩长期被养父虐待，绝望之际被传奇赌博师巴罗兹救下，两人成为彼此唯一的羁绊。巴罗兹因掌握足以颠覆组织“Shell”的“精神压缩”技术秘密，遭暗杀身亡。
为寻凶复仇，露恩与巴罗兹残留意识融合的AI“鼹鼠”合作，同时因创伤记忆被“压缩”封存，需通过线索逐步解锁。她遭遇“Shell”执行者波多野——以剥夺他人记忆为乐的冷酷杀手，波多野不仅是杀巴罗兹的凶手，更试图夺取露恩的“压缩容器”。
调查中，露恩发现：巴罗兹的“压缩”并非单纯技术，而是他为保护她免受创伤吞噬的温柔——压缩的记忆是她的“壳”，而非枷锁。最终，露恩直面波多野，拒绝被记忆束缚，凭借自我意志击败对手，却未沉溺复仇，带着巴罗兹的羁绊与对自身存在的觉醒，以独立个体身份继续在Mardock的阴影中前行。
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